Die Reformation konnte sich in den beiden Orten nicht durchsetzen, da die Ortsherrschaft an ihrer Religion festhielt. So gehörten Pfauhausen und Steinbach zu den wenigen Orten im reformierten Altwürttemberg, die an ihrem alten katholischen Glauben festhielten. Bei der Säkularisierung bzw. Mediatisierung 1806 gelangten die beiden Dörfer, da sie reichunmittelbar waren, an das Königreich Württemberg.

1796 kam der fortschrittliche Pfarrer Benedikt Maria von Werkmeister nach Steinbach, durch den das Leben im Ort neue Impulse erhielt. Werkmeister war zuvor Hofprediger am württembergischen Hofe unter Herzog Karl Eugen gewesen und gehörte zu den führenden Köpfen der Aufklärung. 1808 führte er die allgemeine Schulordnung in Württemberg ein. Im gleichen Jahr zeichnete ihn König Friedrich von Württemberg mit dem Civil-Verdienst-Orden aus, mit dem auch der persönliche Adel verbunden war. 1818 ging Werkmeister als Oberkirchenrat nach Stuttgart.

Aus den Bauerndörfern wurden allmählich Handwerkergemeinden. Schon im frühen 20. Jahrhundert kam es zu Verhandlungen über den Zusammenschluss der zwei Dörfer. Doch es sollte noch über zehn Jahre dauern, bis die Vereinigung  tatsächlich vollzogen werden konnte. Den Namen der neu gegründeten Kommune übernahm man vom Geschlecht derer von Wernau, die fast 400 Jahre die Ortsherrschaft in Pfauhausen ausübten. So findet man auf den Landkarten seit 1938 den Ortsnamen Wernau anstelle der früheren Dorfnamen Pfauhausen und Steinbach.

Nach dem zweiten Weltkrieg erlebte Wernau einen rasanten Aufschwung. Daneben stellte der starke Zustrom von Heimatvertriebenen und Flüchtlingen hohe Anforderungen an die Gemeindeverwaltung. Außerdem musste die Infrastruktur weiter ausgebaut werden. Bei der Zusammenlegung 1938 hatte die Gemeinde 2.816 Einwohner. Als Wernau dann 1968 zur Stadt erhoben wurde, waren es bereits 12.170 Gemeindemitglieder.